Als Gründer der Eckartsburg gelten die Eckardinger, die ihren Stammsitz vermutlich in KIeinjena bei Naumburg hatten. Nachdem bereits Günther unter den Kaisern Otto I. und Otto II. gedient hatte, wurde seinem Sohn Eckart I. 985 das Amt des Markgrafen von Meißen übertragen. Laut späterer Überlieferung soll er die Eckartsburg 998 erbaut haben, was mit Sicherheit innerhalb eines Jahres bereits früher schwer möglich war. Nach dem gewaltsamen Tode Eckarts im Jahre 1002 hatten seine Sohne Hermann und Eckart Il. ebenfalls die Markgrafschaft inne. Nach dem Tod Eckardts II. verblieb die Eckartsburg 1046 bis um 1121 in kaiserlichem Besitz. Kaiser Heinrich IV. bestätigte 1074 eine Schenkung der Burg an seine Gemahlin Bertha und 1112 belehnte Kaiser Heinrich V. den Markgrafen Wiprecht von Groitzsch mit ihr. In den Chroniken des thüringischen Klosters Reinhardsbrunn wird berichtet, dass Heinrich V. wohl im Jahr 1121 dem thüringischen Grafen Ludwig der Springer „durch königliche Gnade die Burg Eckartsberga zum Eigentum übenwiesen“ habe. Die folgende Zeit ab 1130 des nunmehr landgräflichen Besitzes wurde die bedeutendste für Eckartsberga. Davon zeugen noch heute die erhaltenen Baureste aus romanischer Zeit. Eckartsburg reihte sich lückenlos in die Reihe der übrigen Iandgräflichen Burgen Thüringens ein: Neuenburg, Runneburg, Wartburg und Creuzburg. Aus der Regierungszeit der Landgrafen Ludwig I. und Ludwig II. (1130/40 bzw. 1140/72) sind jedoch keine Aufenthalte auf der Eckartsburg überliefert. Vor allem der auf der Neuenburg „residierende“ Hermann weilte hier häufig mit großer Gefolgschaft. Wenn auch für Hermann die Neuenburg der bevorzugte Aufenthaltsort gewesen ist, so hat er doch die nahe gelegene Eckartsburg nicht vernachlässigt. Auf ihn dürften die wichtigsten Bauten zurückgehen. In den Kämpfen zwischen den Gegenkönigen Philipp von Schwaben und Otto IV. ist die Gegend um Eckartsberga 1203/04 nicht unbehelligt geblieben; ob die Burg betroffen wurde ist den Archäologen jedoch nicht bekannt.

Nach dem frühen Tod von Landgraf Ludwig IV. und seiner Elisabeth, die später „die Heilige“ wurde, verschrieb Landgraf Hermann Raspe 1241 neben der Neuenburg auch die Eckartsburg seiner Gattin Beatrix. Als er 1247 starb, entbrannte ein heftiger Streit zwischen dem vom Kaiser eingesetzten Erben Heinrich dem Erlauchten, Markgraf von Meißen und Sophia von Brabant, einer Tochter Elisabeths und Ludwigs. Bei einer der Belagerungen und Erstürmungen der Burg muss es zu Beschädigungen gekommen sein. Eine kurze Nachricht in den Annales Erphordenses beschreibt den Zustand: „marchio Misnensis castrum Eckehardsberc et opidum Wizense sibi walenter usurpans non modicam hujus terre partem sibi subjugavit“.

Heinrich weilte später noch zweimal hier (1253, 1259). Die Eckartsburg fiel, wie das gesamte Iandgräflich-thüringische Gebiet, in die Hand der Meißner Markgrafen aus dem Hause Wettin. Die folgenden Jahrhunderte verliefen zumeist nicht friedlichen und glücklichen für Burg, Stadt und ihre Menschen.

Heinrichs Sohn Albrecht,  „der Entartete“, residierte bis 1265 auf der Eckartsburg, danach auf der Wartburg. Mit der Verlehnung der Anlage im Jahr 1288 durch den Naumburger Bischof an AIbrecht wird deutlich, wie unsicher die Zeiten und schwach die Positionen der Landgrafen geworden waren. ln den nächsten 150 Jahren wurde die Burg ständig neu verpfändet, ob an den Markgrafen von Brandenburg oder den deutschen König Rudolph, die Grafen von Schwarzburg oder die Edelherren von Querfurt. Die Bedeutung, die die Landgrafen der Eckartsburg beigemessen hatten, war stark gesunken.

Bei der Teilung des wettinischen Besitzes 1445 kam Eckartsberga an Herzog Wilhelm. In dem seit 1446 tobenden Bruderkrieg mit Kurfürst Friedrich Il. wurde auch das Gebiet der Finne heimgesucht. Die Verbannung seiner Gattin Anna von 1457 bis 1462 auf die Eckartsburg ging in die Geschichte ein. „Anno 1457 hat Herzog Wilhelm seine Gemahlin im Schloß allhier gefängIich gehalten, hat sechs gantzer Jahr im Schlosse sitzen müssen, und daraus nicht kommen dürffen. Hier setzen etliche, als wäre das Zimmer und die Kapelle mit eisernen Staben beide wohl verwahret gewesen, in dem der Schlüssel dazu noch zu sehen. Allein der Orth, wo das Zimmer und die Kapelle, welche beide wohl verwahret gewesen, gestanden, siehet man noch wohl, aber sonsten ist alles eingegangen. Eine gemauert viereckicht Thürmchen, oben offen, siehet man noch, welches kaum so weit, dass man darinnen stehen kann, auch keine Thür hat.“ (Eckartsbergaer Chronik von 1690). Auch der Amtsschösser von Hoff schrieb 1563 weiter: »Der gitter ist nicht mehr denn eins vor der gefangnen Hertzogin stuben als ich ins Ampt kommen befunden, das hat Blesing der Zimmermann als er dieselbigen Fenster vorschlagen abgenommen.“ Nach der Leipziger Teilung von 1485 kam Thüringen mit der Eckartsburg an Herzog Albrecht. Die Burg diente fortan nur noch Amtsleuten als Wohnsitz. Als ständige Bewohner der Eckartsburg sind seit dem zweiten Viertel des 12. Jahrhunderts die Marschalle von Eckartsberga zu benennen; 1272 werden Kastellane und seit dem Ende des 13. Jahrhunderts Vogte (advocati) erwähnt. Ein Burggrafenamt wie auf der Neuenburg hat es hier nicht gegeben. Für die Bewachung der Burg waren Burgmannen eingesetzt, die ein bestimmtes Lehngut erhielten, mit dem sie an die Burg fester gebunden werden sollten.

Die folgenden Jahrhunderte bedeuteten weiteren Verfall; dennoch war die Burg 1546 mit Geschützen gut bestückt: ein kleiner Mörser, eine Steinbüchse, eine Feldschlange, neun kleine Handbüchsen, 20 Hakenbüchsen. In den Inventaren von 1522, 1525 und 1546 sind die lnventarstücke der Kapelle verzeichnet: Ein vergoldeter Kelch mit Patene, ein silberner Kelch mit Patene, zwei damastene Gewänder, ein Meßbuch. Ob der Stadtbrand von 1562 auch auf der Burg zusätzlichen Schaden anrichtetete, ist nicht bezeugt. Im 30jahrigen Krieg diente die Burg kurzzeitig als Gefängnis. Einer Nachrlcht des Amtserbbuches von 1622 zufolge richtete sich der Amtsschösser 1664 einige Raume in der Burg zur Wohnung ein.

Herzog Augustus schrieb ihm: „Demnach Wir Unserm Schösser gnädigst anbefohlen, nicht allein Unser Schloß zu Eckartsberga in etwas verwahren, sondern auch darbey Zur auffenthaltung darinnen etliche Stuben repariren zu laßen …“ Doch schon 1667 heißt es weiter , das Schloss liege üist, nur in den Schüttboden werde Zinsgetreide aufbewahrt. Drei Inventarbeschreibungen aus dem 18. Jahrhundert, von 1718, 1754 und 1756, geben ausführliche Kunde vom damaligen Bauzustand und den Funktionen der einzelnen Gebäude. Die Sachlachten von Jena und dem nahen Auerstedt gegen die französischen Heere rücken die Festungsanlage noch einmal in den Mittelpunkt europäischer Militärpolitik.

Unmittelbar nach dem Übergang der sächsischen Gebiete, also auch des Amts Eckartsberga, an Preußen im Jahre 1815 standen große Reparaturen an. Der nordwestliche Burgturm, heute als Wohnturm bezeichnet, drohte nach Nordwesten abzustürzen. Die Berliner Behörden untersagten dessen Abbruch aus „Alterthumsgründen“, da der Turm „als eine Zierde der Gegend und ein Denkmal der Vorzeit zu erhalten“ sei. König Friedrich Wilhelm III. selbst bewilligte über 205 Taler für die Reparaturen. 1824/25 wurden der östliche Teil im ehemaligen Kornschuttgebäude entlang der südlichen Ringmauer zur Wohnung für den Rentamtsboten hergerichtet. In der zweiten Jahrhunderthälfte fanden an allen Burgbauten Reparaturen statt; nur der Kornboden verlor 1849 sein Dach. Im Westflügel, dem sogenannten Palas, erkannte man noch 1861 die alten Kellergewölbe aus Bruchsteinen. Die heutige überwölbte Steinbrücke am Eingang der Burg stammt aus dem Jahre 1885, hatte aber Vorgänger bereits aus dem 18. Jahrhundert. Ein Inventar von 1879 beschreibt die Burg sehr ausführlich, erwähnt auch die bereits im Jahr 1861 eingerichtete Gastwirtschaft in der ehemaligen Rentamtsbotenwohnung. Der Ausbau der Gastwirtschaft und der zweigeschossige Umbau von West- und Sudflügel zu großen Festsälen und einem „RittersaaI“ im Palas rief Unverständnis hervor.

1902 unternahm man einen erneuten Versuch, die Ruinen auszubauen, doch erst 1926 konnte im alten Kornbodengebäude ein Gastraum hergerichtet und eine Aufstockung verhindert werden. Neue Kreuzstockfenster gaben dem Raum viel Licht. Von weiteren Ausbauplanen 1934/37 bleiben lediglich gewaltige Betonarmierungen im Westflügel übrig. Ein um 1935 im Erdgeschoß des Wohnturmes eingebautes Diorama der Schlacht bei Jena und Auerstedt im Jahre 1806 sollte zum Grundstock eines neu gestalteten Museums im Palas werden.